必须早期、足量、足疗程治疗由于各种真菌对于药物的敏感性有一定的差异，有条件时应做药物敏感试验。根据试验结果选择抗真菌类药物。小儿要根据医生诊断后，适当减量。常用的抗真菌药有：
　　（1）两性霉素B（AmB）：为广谱第一线抗真菌药物，口服不能吸收，必须由静脉滴入。

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　　（2）两性霉素B脂质体：用于无法耐受传统两性霉素B制剂的患儿、肾功能严重损害、不能使用传统两性霉素B制剂的病例。
　　（3）氟胞嘧啶（5Fc）：对念珠菌、隐球菌及曲菌的少数菌株有效。

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疗效比两性霉素差，临床常二者联合应用。本品易产生耐药性，口服吸收良好。

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　　（4）克霉唑：对念珠菌、隐球菌、曲菌及荚膜组织胞浆菌均有良好的抑菌作用，不易产生耐药性，口服吸收快。
　　（5）伏立康唑：具有广谱抗真菌作用，尤其是对侵袭性曲霉菌有效。
　　（6）酮康唑：对念珠菌、新型隐球菌、荚膜组织胞浆菌、球孢子菌有抗菌作用。口服吸收好，毒性小，疗效好，不损害肾功能，与AmB合用能增加杀菌能力。

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本药不能通过血脑屏障。
　　（7）伊曲康唑：用于曲霉菌、念珠菌属、隐球菌属和组织胞浆菌等感染的预防治疗。
　　（8）氟康唑：用于非粒细胞减少者的深部念珠菌病。
　　（9）卡泊芬净：用于侵袭性念珠菌病、念珠菌血症及侵袭性曲霉菌病。
　　（10）球红霉素：疗效类似AmB，但毒性较AmB低。口服不能吸收，必须由静脉滴注。