胚胎停育的原因很多，不一定都是精子问题所造成的。最常见的胚胎停育，就是胚胎染色体的异常，比如最常见的13三体、18三体和21三体。还有母体的感染因素，感染在胚胎停育中占15%-30%左右，最常见的病原体为套式感染，它是一种风疹病毒，弓形虫、巨细胞，单纯疱疹病毒和其他微生物的感染，也会造成胚胎停育。还有免疫因素，比如母体自身免疫性疾病、RH阴性血型等。全身的疾病，有未控制的糖尿病、慢性高血压、慢性肾炎都可以导致胚胎停育的发生。

生殖器发育畸形和病变，如果子宫发育畸形或者异常，宫腔粘连等可影响胚胎的发育，导致胚胎停育。内分泌的异常，常见的内分泌功能异常，包括黄体功能不全、甲状腺功能异常、多囊卵巢和高泌乳素血症，都会造成胚胎停育。还有就是不良生活习惯，喝酒、抽烟、吸毒、被动吸烟都会造成早期的发育异常。父亲的因素，精子质量下降、精子凋亡率增加是胚胎停育的一个相关因素，但是达不到80%的比例。